R利用spaa包计算植物/微生物的生态位宽度和重叠指数

一、生态位宽度生态位宽度指数包括shannon生态位指数和levins生态位指数。下面是采用levins方法计算生态位宽度。method也可以选择“shannon”。二、生态位重叠指数生态位重叠指数包括levins生态位重叠指数、schoener生态位重叠指数、petraitis生态位重叠指数、pianka生态位重叠指数、czech生态位重叠指数和morisita生态位重叠指数。下面代码以计算levins指数为例数据准备输入文件名otu.txt第一行为样品的名称第一列为otu名称名称具有唯一性可以理解为物种的名称。# 加载spaa包需提前安装install.packages(spaa) # 该包提供生态位分析和群落分析的工具 library(spaa) # 读取OTU表格数据 # fileotu.txt指定输入文件名为otu.txt # sep\t使用制表符作为分隔符 # headerT保留第一行为列标题 # row.names1将第一列设为行名通常为物种ID otu - read.table(fileotu.txt, sep\t, header T, row.names 1) # 计算生态位宽度Levins指数 # method levins使用Levins公式计算 # 结果数值范围0-1值越大表示物种的环境适应能力越强 niche.width - niche.width(otu, method levins) # 计算生态位重叠指数Pianka指数 # method pianka使用Pianka公式计算 # 结果数值范围0-1值越大表示物种间生态位重叠度越高 niche.overlap - niche.overlap(otu, method pianka) # 输出生态位宽度结果到CSV文件 write.csv(niche.width, nichewidth.csv) # 输出生态位重叠结果到CSV文件 write.csv(niche.overlap, niche.overlap.csv)代码简化为library(spaa) otu - read.table(fileotu.txt,sep\t, header T,row.names 1) niche.width - niche.width(otu, method levins) niche.overlap - niche.overlap(otu, method pianka) write.csv(niche.width, nichewidth.csv) write.csv(niche.overlap, niche.overlap.csv)生态位宽度的方法levins生态位重叠指数的方法piankaPS参考链接参考1【R语言生态位计算】 https://www.bilibili.com/video/BV18bNRegEe1/?share_sourcecopy_webvd_sourcee2338c063cd49188a452094eb0b6f740参考2https://mp.weixin.qq.com/s/9NqbGss91v-lFTA-BFQllQR语言 | 利用spaa计算植物生态位指数和种间联结