AlphaFold Protein Structure Database (AlphaFold DB) 是 DeepMind + EMBL-EBI 合作开发的公开蛋白质结构预测数据库，是利用 AlphaFold2/AlphaFold3 AI模型 预测的全基因组级蛋白质三维结构库。
网址： https://alphafold.ebi.ac.uk
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 主办单位 | DeepMind + EMBL-EBI |
| 上线时间 | 2021年7月 |
| 数据来源 | UniProt 蛋白质序列 (种属覆盖广泛) |
| 数据规模 (2024) | 2.14亿条蛋白质结构 (覆盖 UniProt90%以上) |
| AI模型 | AlphaFold2 (初版) AlphaFold-Multimer (多聚体预测) AlphaFold3 (部分功能逐步整合) |
| 特色 | ① 结构覆盖率极高 ② 单体、多聚体结构预测均有 ③ 每个残基有置信度评分 |
AlphaFold DB 的数据特点
| 特征 | 说明 |
|---|---|
| 预测对象 | 单体蛋白质主序列 (来自 UniProt) |
| 结构内容 | 预测蛋白主链和侧链原子坐标 (PDB格式) |
| 置信度指标 | pLDDT (per-residue confidence score, 0–100) PAE (Predicted Aligned Error, 对接误差矩阵) |
| 结构质量提示 | 高 pLDDT (>90) → 可信主链/侧链 中等 pLDDT (70–90) → 大体可靠 低 pLDDT (<70) → 低可信 (无序/柔性区段) |
| 多聚体结构 | 采用 AlphaFold-Multimer 预测 (部分条目) |
| 版本更新 | 不断覆盖新种属/新序列 (同步 UniProt) |
数据库网站功能
| 功能 | 说明 |
|---|---|
| Search (搜索) | 输入 UniProt ID、蛋白名称、基因名称 |
| Browse (浏览) | 按种属 (如 Human, E.coli) 筛选 |
| Structure viewer (结构可视化) | 内置 Mol* 浏览器 → 高质量3D交互式结构 |
| Download (下载) | PDB格式结构文件、JSON格式置信度、PAE矩阵 |