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DeepEdit: 使用Nanopore直接RNA测序进行A-to-I RNA编辑事件的单分子检测

RNA 编辑是在不同生命形式中发现的普遍且关键的转录后事件。Nanopore 测序仪记录的电信号容易受到碱基修饰的影响。我们提出了 DeepEdit，一种用于使用纳米孔直接 RNA 测序检测和相位 A-to-I RNA 编辑事件的神经网络模型。

请在 https://github.com/weir12/DeepEdit 查看更新。

入门指南

我们在 DeepEdit/Getting_Started 文件夹中提供了脚本和所需文件。您可以按照以下步骤运行 DeepEdit。

1. 碱基调用和映射

要求:

​ 软件: guppy, minimap2 (版本 2.10-r761)

​ 文件: .fast5 纳米孔读取

# 碱基调用
guppy_basecaller -i DeepEdit/Getting_Started/nanopore_reads/ -s DeepEdit/Getting_Started/nanopore_reads/ --flowcell FLO-MIN106 --kit SQK-RNA001 --cpu_threads_per_caller 1 --qscore_filtering --fast5_out
# 映射
minimap2 -t 16 -ax map-ont -p 1.0 --secondary=no -u f -a DeepEdit/Getting_Started/GCF_000002945.1_ASM294v2_rna.fna DeepEdit/Getting_Started/nanopore.fastq > nanopore.sam

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